Фамилия тюркская, образована от сложносоставного имени, где -джан (-жан) перс. dzan 'душа, жизнь': + тюрк. baba 'отец'.(У) Вероятно также, что это русифицированная армянская фамилия Бабаджанян, оьразованная заменой последнего слога (как Акопя - Акопов)