В словаре Даля есть слово водья, вадья - окошко на болоте, озерцо среди топи. Фамилия могла быть образована от этого слова, например, от прозвища человека живущего на болоте, на островка среди болота. Но скорее всего слово вадья в каком нибудь из местных говоров имеет и другое значение. И еще возможна связь с именем Вадим - Вадя.