Рассказ об идеях Картезия чаще всего начинают с изложения его научного наследия — рассказывают о Декарте-математике, создателе аналитической геометрии; о физике, внесшем неоценимый вклад в обоснование учения о механическом движении, в новую оптику, в концепцию вихревого движения, в космогонию; о Декарте-физиологе, заложившем основы учения о рефлексах. А уж затем переходят к философии. Между тем специфика декартовского учения такова, что философские аспекты его — в свою очередь объединяющие метафизику, теорию познания, учение о научном методе, этику — не только тесно переплетены с естественнонаучными, математическими, но и в известном смысле главенствуют над последними. Идеи науки и философии, согласно Декарту, должны быть объединены в нерасторжимую целостность. Гораздо легче и эффективнее изучать сразу все науки. Их единство мыслитель уподобляет мощному древу, корни которого — метафизика, ствол — физика, а ветви — механика, медицина, этика. Метафизика (или первая философия) есть фундамент систематического познания; этикой оно увенчивается. Таков общий архитектонический проект здания науки и философии, предложенный Декартом. Как именно он выполняется, иными словами, какова логика развития мысли, последовательность главных шагов анализа и исследования? В «Метафизических размышлениях» представлены шесть главных исследовательских шагов картезианства. Первый шаг — обоснование необходимости универсального сомнения. Второй шаг (второе размышление) — это практическое осуществление процедур сомнения; нахождение несомненного первопринципа философии; обретение отчетливого понятия о душе (духе) в ее отличии от тела; осмысление сущности Я, сущности человека. Третий шаг — (онтологическое) доказательство существования Бога. Шаг четвертый — освещение проблемы истины и заблуждения, обоснование принципов ясного и отчетливого познания. Пятый и шестой шаги — "выведение" материальных вещей, постижение их сущности; вопрос о существовании материальных вещей и о различии души и тела человека. Далее перед нами предстанут лишь главные из этих конструкций причудливого здания единой философии Декарта. Конкретной работе по его возведению предшествуют, как это было и в учении Ф. Бэкона, расчистка самой "строительной площадки" для работы ума и обновление "фундамента" науки и философии. Сначала надлежит привести в действие процедуры сомнения, а затем сформулировать и использовать позитивные правила метода, "правила для руководства ума", что также выпадает на долю философии, в особенности ее учения о познании и научном методе. Сомнение, следовательно, выдвигается на первый план.