В течение многих поколений германская университетская система была образцом высшего образования для всего мира. Уровень подготовки студентов и компетенция преподавательского состава пользовались заслуженной репутацией. Между тем, университетскую систему Германии всегда отличал националистический дух. В 1915 450 университетских профессоров подписали заявление о поддержке военной политики Германии. Многие академики отказались признать поражение Германии в 1918 и либо неприязненно, либо равнодушно отнеслись к демократической Веймарской республике. В такой атмосфере германская университетская система стала легкой добычей для нацистской политики гляйхшалтунг. Не доверяя в целом вольнодумству преподавательского состава университетов, Гитлер считал университеты опасным препятствием для того общества, которое намеревался построить. Его целью было заменить прежние гуманистические идеалы системы высшего образования собственными политико-расовыми институтами, проповедовавшими милитаризм и территориальную экспансию. Следует отметить, что многие его планы получили весьма существенную поддержку со стороны определенной части академиков и профессоров. Национал-социалистическая чистка университетов началась почти сразу же после того, как Гитлер стал канцлером Германии. За короткое время было уволено 1200 университетских преподавателей, профессоров и академиков, или почти десятая часть преподавательского корпуса, главным образом евреев, либералов и социал-демократов. В их числе оказалась группа физиков из Геттингенского университета, занимавшаяся проблемами квантовой механики, что явилось тяжелой потерей для немецкой науки, прочно занимавшей позиции мирового лидера. Покинули свои кафедры и были вынуждены эмигрировать востоковед Пауль Кале, богослов Карл Барт, педагог и психолог Эдуард Шпрангер. Историк Герман Онкен, несмотря на то, что был противником Веймарской республики, был лишен профессорского звания после того как опубликовал исследование о диктатуре Робеспьера. Убежденный националист историк Фридрих Мейнеке был уволен с поста главного редактора журнала "Хисторише Цайтшрифт". Сотни преподавателей и ученых были вынуждены оставить свои посты и эмигрировать из Третьего рейха. Однако определенная часть немецких профессоров и академиков поддержала нацистский режим. Не признавая нацизм в годы политической борьбы за власть, они тем не менее изменили свое отношение к нему после того, как Гитлер стал канцлером. Когда лауреат Нобелевской премии профессор Франк оставил университетскую кафедру в знак протеста против антисемитизма, 33 профессора и преподавателя Геттингенского университета расценили его поступок как акт саботажа. Философ-экзистенциалист Мартин Хайдеггер открыто поддерживал нацистские нововведения: "Долг студентов, так же как и профессоров - служить народу тремя способами: трудовая служба, военная служба и научная служба". Его позиции разделяли известные ученые Эрнст Крик, Альфред Бемлер, Адольф Рейн и др. Талантливый хирург Фердинанд Зауэрбрух принял от нацистов предложение занять высокий общественный пост в знак поддержки режима. Новая университетская администрация функционировала на основе "принципа фюрерства". Традиционная университетская система самоуправления была отменена, вся полнота власти передавалась в руки ректора, назначаемого нацистскими властями. Нередко эту должность занимал малограмотный партийный функционер. Берлинском университете новым ректором стал бывший штурмовик СА и ветеринар по профессии, который сразу же ввел 86 курсов по своей специальности и 25 курсов по "расовым исследованиям" (см. Расовая доктрина). Места ушедших в отставку прежних преподавателей занимали молодые нацисты, многие из которых не имели достаточного опыта и квалификации. Все профессора и преподаватели были обязаны скорректировать свои лекции в соответствии с идеологическими требованиями национал- социализма. Ни один преподаватель не мог занять академического поста, не пройдя предварительно шестинедельного учебного курса по программе Национал-социалистического союза преподавателей. Там их пичкали национал-социалистической философией, они обязаны были сдать экзамены на годность к военной службе, а также продемонстрировать физическую подготовленность. Новый учебный план основной упор делал на базовые элементы нацистской идеологии: расизм и национализм. Профессора и преподаватели обязаны были читать лекции по германской физике, германской химии, германской математике и т. д. При этом вся современная физика в целом объявлялась "еврейской наукой", служащей разрушению германской науки. Теория относительности Альберта Эйнштейна преподносилась как еврейский заговор с целью достижения мирового господства и обращения немцев в рабство. В результате "реформ", проведенных Гитлером в системе высшего образования, германские университеты в период Третьего рейха быстро потеряли свою былую блестящую репутацию. Квалификация преподавательского состава резко снизилась. Упал не только уровень подготовки студентов, но и сократилось их количество: с 127820 в 1933 до 58325 в 1939. Нанесенный нацистами в результате чистки преподавательского состава урон собственной стране оказался выгоден остальному миру: тысячи талантливых ученых и преподавателей продолжили свою деятельность в университетах и лабораториях США, Великобритании и других стран, что в итоге оказалось катастрофой для Германии. См. также Образование в Третьем рейхе.