ПУПЕНКО

В основе прозвище или некрестильное имя Пуп. Подобные имена, образованные от названий частей тела были не редкостью (Нос, Ухо и т.п.) В Ономастиконе Веселовского есть Пупок, крестьянин, XVI в., Новгород; Иван Семенович Пупок Колычев, первая половина XVI в.Пупыш, несколько лиц в Новгороде, XVI в. Пуп означало не только «пупок», так могли назвать всякую выпуклость, а также середину чего-либо. Отсюда пупырь, пупыш — «прыщ, волдырь»; в некоторых говорах так называют упитанного ребенка, карапуза (в петербургских и смоленских говорах пупа — ласковое обращение к маленьким детям). Вероятно, такие прозвища могли получить люди невысокие, полные — так, в смоленских говорах родственные слова пупел, пуплуше имеют значение «небольшой, коротенький, малорослый». Кроме того, пупырь — «гордец, воображающий себя выше всех», а кое-где — «угрюмый, неразговорчивый человек». (Г) (см. Пупырев)

Источник: Словарь русских фамилий на Gufo.me